Le 29 mars 1880, c'est le décret d'expulsion des religieux ; le couvent est fermé avec à l'intérieur un seul gardien ; les religieux sont dispersés. Mais dès 1882, le Commissariat de Terre Sainte est restitué aux Pères. Une petite communauté s'y reconstitue. Puis c'est l'affaire Dreyfus et une nouvelle vague anticléricale. Par la fameuse loi de 1901 sur les associations une autorisation est exigée des congrégations religieuses sous peine de dissolution et de confiscation.
Le 7 avril 1903, toutes les autorisations sont refusées, tous les couvents sont dissous et confisqués. Le couvent de la rue Falguière deviendra l'École Bréguet.
Un certain nombre de Pères vont vivre alors dans la clandestinité.

Les Franciscains arrivent dans le XIVe
Et puis c'est 1914, la guerre : 33 religieux sont mobilisés et souvent au front. La passion anticléricale n'est plus de mise quand effort et sacrifice sont demandés à tous pour la patrie en danger.
En 1919, les Pères clandestins n'hésitent pas à créer un noviciat, 37, rue Boulard. Voilà donc les Franciscains, éternels clandestins, installés au grand jour dans le 14e.
Mais bientôt trop à l'étroit, la communauté franciscaine s'installe 9, rue Marie-Rose et occupe plusieurs appartements 25 et 27, rue Sarrette.